La misión de la Escuela Superior de Guerra Conjunta de las Fuerzas Armadas es:

Capacitar a los cursantes en el ejercicio de la conducción en el nivel Estratégico Operacional y en el desarrollo de las funciones de Estado Mayor en los niveles Estratégico Operacional y Estratégico Militar en el marco de la acción conjunta y conjunta-combinada, a fin de optimizar el empleo del Instrumento Militar de la Nación, y perfeccionar profesionales interesados en la Defensa Nacional, mediante el desarrollo de ofertas educativas de posgrado, proyectos de investigación y actividades de extensión.